Du willst den Kühlkörper, der auf der CPU aufliegt, flachliegend einbauen? ... Klar, warum soll das nicht gehen!
Wichtig ist, dass er flächig aufliegt (ordnungsgemäß montiert ist), Pad oder Paste "nach Vorschrift" eine Verbindung herstellen.
Dem Kühlkörper ist es egal, wie rum er montiert ist...